Ouverture des candidature
en première et seconde année de Master,
contactez master.info.bim@upmc.fr
Informations administratives ici et étapes de la procédure d'inscription ici
Objectifs et description
Les
enjeux actuels de la biologie et de la médecine engendrent des
besoins nouveaux à l'interface avec l'informatique et les
mathématiques : analyse de données complexes, outils de
modélisation approfondis. Ceci nécessite de former des
jeunes scientifiques ayant une vaste culture pluridisciplinaire. La
spécialisation "BioInformatique et Modélisation" (BIM)
s'appuie donc sur l'expérience de divers départements
(informatique, mathématiques, science de la vie) et centres de
recherche de l'UPMC et d'un partenaire international, qui fait partie
d'un accord de Programme International de Master en "BioInformatique,
bioMathématiques et Modélisation" (BIMM) entre l'UPMC et l'Université
Libre
de
Bruxelles (Belgique). BIMM est coordonné par le
Département d'Informatique.
Les aspects nouveaux de cette spécialité par rapport aux
masters existant en France et à l'étranger sont : un
programme de formation intégré à la biologie,
mêlant algorithmique, combinatoire et statistiques pour la
bioinformatique et la modélisation mathématique ; des
modules de recherche conçus pour mélanger les
étudiants provenant de différentes disciplines ; des
modules de mises à niveaux pour permettre l'acquisition des
connaissances mais aussi d'un langage commun pour permettre des
échanges ; des modules partagés par des enseignants de
disciplines différentes. Cette collaboration dans un même
module devrait enrichir la pédagogie "classique" disciplinaire
et a pour but d'élargir l'esprit des étudiants.
Au sein de la spécialisation nous souhaitons préparer nos
étudiants à la recherche et aux applications dans ce
domaine d'interface en s'appuyant sur des bases solides en
Informatique. Le but principal de la spécialisation est de
préparer les étudiants au développement de
nouvelles méthodes pour résoudre des problèmes des
sciences du vivant. Il est donc essentiel qu'ils soient
compétents dans leur domaine d'origine et qu'ils connaissent le
langage et les problématiques des sciences biologiques et
biomédicales. Le besoin de manipuler et d'analyser de larges
quantités de données demande que la formation des
étudiants soit complété par des compétences
en simulation numérique et en analyse statistique.
Les étudiants de la spécialité qui participeront
au master international devront passer un
semestre dans une université partenaire, à l'occasion du
stage de M2 ou pour un semestre de cours. Les cours de M2 peuvent
être assurés en anglais.
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Public visé
La
spécialité s'adresse à un public
d'étudiants scientifiques disposant de
bonnes connaissances en informatique et/ou en mathématiques
appliquées
à l'informatique. Notamment, les étudiants devront avoir
une formation
en informatique générale incluant la maîtrise de
l'algorithmique et de
la programmation et une bonne connaissance des mathématiques de
base
(logique, algèbre, analyse, probabilités, statistiques).
Admission en première année
de master
Le public
de la première année est principalement constitué
d'étudiants ayant
obtenu une licence d'informatique ou de mathématiques (avec
quelques UE
en programmation et en algorithmique), mais d'autres parcours moins
typiques seront aussi examinés. Par exemple, nous offrons la
possibilité aux étudiants de Physique et Chimie de
s'inscrire à BIM.
Seront particulièrement appréciés les dossiers des
étudiants provenant
de formations mathématiques ou informatique qui ont
montré, durant leur
cursus Licence, un intérêt pour les sciences de la vie.
Admission en seconde année de master
Le public de deuxième année est constitué pour une
part des étudiants
de la première année, et pour l'autre part
d'élèves provenant d'autres
universités ou d'écoles d'ingénieurs et ayant
démontré dans leur cursus
d'étude un intérêt pour les sciences de la vie, les
mathématiques
appliquées à l'informatique et/ou l'informatique. Les
dossiers seront
évalués au cas par cas.
Enfin, l'intégration de BIM dans le Programme
International de Master BIMM
offre une visibilité internationale pour la
spécialité
et un flux d'étudiants provenant de l'étranger. Ils
auront des
formations compatibles à celles décrites ci-dessus.
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Organisation
La
spécialité permet aux étudiants d'informatique
d'acquérir des
compétences dans le domaine de la bioinformatique et de la
modélisation
tout en assurant aux étudiants une formation d'informaticiens.
Le
développement de leurs connaissances en algorithmique, en
intelligence
artificielle ou en imagerie leur permettront d'apporter des
contributions méthodologiques originales dans ce domaine.
Pour
garantir des bases solides en informatique, nous proposons une
première
année (M1) de cours approfondis en informatique partagés
avec les
spécialités IAD
(Intelligence Artificielle et Décision), IMA
(Imagerie)
et STL
(Science et Technologie du Logiciel) et couvrant les
connaissances nécessaires en algorithmique, combinatoire et
statistiques. Les étudiants suivront aussi des cours de
statistiques et
d'introduction aux bases de la biologie, à la bioinformatique et
à la
modélisation. Ces modules permettront aux étudiants de se
familiariser
avec la pluridisciplinarité grâce au contenu des
enseignements et à
travers la collaboration entre étudiants de disciplines
différentes au
sein du Programme International de Master BIMM, qui partagera ses cours
avec la spécialité.
La seconde année (M2) sera constituée par une partie de
cours et un
stage. Les cours de M2 seront, pour la plupart, donnés par au
moins
deux intervenants, dont l'un sera biologiste. Ceci permettra de
s'assurer que les étudiants restent sensibles aux enjeux des
problématiques en biologie. Une vaste variété de
cours de modélisation
est d'ores et déjà proposée à l'UPMC et
environ 10 UE dédiées à la
bioinformatique et à la modélisation seront
assurées par la spécialité.
La spécialisation partage quelques UE de M1 et un grand nombre
d'UE de
M2 avec la spécialité "Mathématiques
de
la
Modélisation" de la mention
Mathématiques et Applications, et la mention Biologie
Moléculaire et
Cellulaire (BMC) du Master de l'UPMC.
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Equipe pédagogique de la spécialité
Les
modules de M1 et de M2 de la spécialité sont
assurés par des enseignants de disciplines différentes.
Cette collaboration dans un même module enrichit la
pédagogie "classique" disciplinaire dans le but d'élargir
l'esprit des étudiants.
L'équipe pédagogique fournit un effort important afin
de :
- favoriser une interaction profitable entre
étudiants de formations différentes. Conception de
groupes de travail, cours interactifs avec présentation
d'articles par les étudiants, présentation de travaux de
recherche par des chercheurs invités de domaines
différents, etc seront mises en place.
- permettre la révision des contenus des
cours vis-a-vis des nouvelles méthodes et des nouvelles
découvertes dans ce domaine en constante évolution.
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Débouchés professionnels
Recherche
: Bioinformatique, modélisation de systèmes
biologiques (laboratoire ou industrie).
La spécialité BIM
couvre des problèmatiques très pratiques et actuelles
comme la génomique et la fouille de grande quantités de
données biologiques, ce qui lui assure des
débouchés professionnels. Elle aborde aussi des domaines
plus prospectifs faisant l'objet de recherches de pointe dans nos
laboratoires. L'un des objectif du master est de fournir aux
étudiants la posssibilité d'une thèse dans de
nombreux centres hors université : INRIA, Genoscope-CEA, INRA,
etc. D'autres étudiants iront vers des laboratoires (biologie,
écologie, biomécanique, médecine...)
universitaires. Le laboratoire de Génomique des Microorganismes
accueillera des étudiants éventuellement
intéressés par la réalisation d'une thèse
expérimentale avec une partie d'analyse in silico et des
étudiants intéressés par le développement
de nouvelles méthodologies d'analyse de données in silico.
Industrie
: Laboratoires pharmaceutiques, biotechnologies.
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